Το δικό του στίγμα στο πολυθρύλητο ζήτημα της ανωτατοποίησης της Εκκλ/κής εκπαίδευσης έδωσε ο Πρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών Γεώργιος Μπαμπινιώτης, σε εκδήλωση του Ιδρύματος Βυζαντινής Μουσικολογίας της Ι. Συνόδου (5/10/2005).

Ο Πρύτανης τόνισε χαρακτηριστικά ότι «το Πανεπιστήμιο συνεργάζεται με την Εκκλησία και πιστεύει ότι, μέσα από τη σύλληψη του Μακαριωτάτου, μπορεί να υπάρξει μια Πανεπιστημιακού επιπέδου προσφορά εκ μέρους της Εκκλησίας, με την προετοιμασία, την μόρφωση και την κατάρτιση κληρικών - ιερωμένων, οι οποίοι, με μια κατάλληλη μόρφωση και καλλιέργεια, θα υπηρετήσουν την Εκκλησία.

Αυτή η ιδέα, στην πραγματικότητα, φέρνει την Εκκλησία κοντά στην έννοια του Πανεπιστημίου. Θεωρούμε ότι μέσα από αυτή τη συνεργασία, που σήμερα βλέπουμε, αποδεικνύεται πως είναι δυνατόν να υπάρξει (συνεργασία), με πάντοτε ξεχωριστούς ρόλους, όπως είναι πάντοτε ο ιδιαίτερος ρόλος της Εκκλησίας και ο άλλος του Πανεπιστημίου»

Για το ίδιο ζήτημα τη δική του ξεκάθαρη θέση πήρε ο γηραιός Μητροπολίτης Γόρτυνος κ. Θεόφιλος σε άρθρο του στην εφημερίδα «Ελεύθερος» (4/10/2005), όπου γράφει: «Εκτιμούμε πως ήταν απόφαση σωστή αυτή με την οποία το Υπουργείο Παιδείας αναβαθμίζει τις ανώτερες Εκκλ/κές Σχολές».

Παράλληλα, ο ε.τ. Αντιπρόεδρος του Σ.τ.Ε Αναστάσιος Μαρίνος σε σχετικό του άρθρο στην «Εστία» (1/10/2005) τονίζει: «όλοι οι ισχυρισμοί οι οποίοι είδαν το φως της δημοσιότητος για δήθεν επαναφορά, με τη συστατική επιστολή του επιχωρίου Επισκόπου, των πιστοποιητικών κοινωνικών φρονημάτων, μόνον γέλωτα δύνανται να προκαλέσουν. Ουδεμία σχέση έχουν τα πιστοποιητικά εκείνα με τη συστατική επιτολή του Επισκόπου η οποία, άλλωστε, καίτοι προβλέπεται από την μέχρι τούδε νομοθεσία για τις Εκκλησιαστικές σχολές, ουδέποτε αμφισβητήθηκε ως προς την συνταγματικότητά της.»